متن کامل این نامه در ادامه آمده است:
«دانشجو و محیط دانشگاه باید نگاه کلان به هدفهای انقلاب داشته باشد؛ دنبال آنها برود. مراقب باشید دشمن نتواند از محیط دانشگاه و از عنصر دانشجو و استاد استفاده کند. این آن چیزی است که من روی آن تأکید میکنم. میبینید یک حادثه کوچکی اتفاق میافتاد، حالا در همین دانشگاه خودتان، یک تعدادی مثلاً شاید در یک قضیهای گلهمندند، معترضند؛ ببینید بلافاصله در دنیا روی آن تفسیر میگذارند، تحلیل میگذارند، نه با جهتی که آن دانشجو به خاطر آن جهت این حرکت را انجام داده، این اقدام را کرده، بلکه درست در نقطه مقابل آن جهت. یعنی حاکمیت را، نظام را، اسلام را زیر سؤال میبرند با این وسائل. باید هشیار بود؛ در محیط دانشگاه این هشیاری از همیشه لازمتر است.
رهبر معظم انقلاب (مدّ ظلّه العالی)
جناب آقای دکتر نیلی
رئیس محترم دانشگاه تهران
با سلام و احترام.
همانگونه که مستحضرید، طی هفته گذشته و کمی قبلتر از آن موجی از اعتراضات و آشوب شهرهای مختلف کشور را فراگرفت. شنبه هفته گذشته نیز دانشگاه تهران شاهد و میزبان این موج بود. تجمع شنبهٔ گذشته با مجموعهای از شعارهای معیشتی و صنفی آغاز شد و با سرعت زیادی به مضامین کاملاً سیاسی و ساختارشکنانه بدل شد.
در این بین علیرغم حضور و تلاشهای شخصی و متأسفانه بدون پشتوانه معاون محترم فرهنگی دانشگاه، به دلیل سکوت و غیبت کامل حضرتعالی، انفعال کامل نیروهای حراست دانشگاه و بیتدبیریهای رخ داده، طی مدت کوتاهی با ورود عناصری از خارج دانشگاه و همچنین آغاز خشونت و سنگپرانی، التهاب شدیدی در محدوده پردیس مرکزی و سردر دانشگاه شکل گرفت که به سرعت به خیابان نیز انتقال پیدا کرد. این انفعال و سکوت مسئولین مختلف دانشگاه منجر به تجمع خودجوش جمعی از دانشجویان انقلابی به منظور جلوگیری از گسترش آشوب و خشونت و نتیجتاً ورود افراد و نگاه امنیتی به دانشگاه شد.
در واقع آنچه محل پرسش است آن است که چرا شخص حضرتعالی به جای نقشآفرینی فعالانه در جهت کنترل اوضاع و شکلدهی مسالمتآمیز به اعتراضات و تجمعات دانشجویی، ترجیح میدهید طوری رفتار کنید که دانشجویان در مقابل دانشجویان قرار گیرند و عملاً مطالبات اصلی آنان فراموش شده و مسئولانی که موظف به پاسخگویی هستند، جای خود را به مطالبهگر تغییر دهند.
پر واضح است با توجه به وضعیت ملتهب، درگیریهای اطراف دانشگاه و برخوردهای خشن دانشجویان معترض، من جمله شعارهای ساختارشکنانه و توهین به اصل نظام، سنگپراکنی، آسیب زدن به اموال عمومی و درگیریهای فیزیکی و همین طور احتمال ورود افراد آشوبگر خارج از دانشگاه به داخل، مشخص نبود در صورت عدم حضور به موقع دانشجویان دغدغهمند، این غائله منجر به وقوع چه حوادث تلخ و ناگواری شود که تا سالها به عنوان لکه ننگی بر پیشانی دانشگاه تهران باقی بماند.
علاوه بر آن؛ این اتفاقات نهایتاً منجر به دستگیری تعدادی از دانشجویان شد. مسلماً با کسی که مرتکب جرمی شده است، دانشجو باشد یا نباشد، باید طبق قانون و از طریق سازوکارهای شفاف قانونی برخورد شود، اما عدهای از دستگیرشدگان کسانی هستند که فریب فضای ملتهب کشور و دانشگاه را خورده و در اثر هیجان و التهاب فضا دست به اقداماتی زدهاند که منجر به دستگیری آنان شده است.
مشخص است که با این افراد نباید همچون اغتشاشگران اصلی برخورد کرد و انتظار میرود مسئولین دانشگاه اقدامات جدی در جهت آزادی فوری این دانشجویان و روشن شدن وضعیت همه دستگیرشدگان صورت دهند.»